沪宁沿江城际铁路南京南站、句容站、金坛站、武进站、江阴站、张家港站、常熟站、太仓站以及沪宁城际铁路上海站、上海虹桥站、上海西站、南翔北站、安亭北站、昆山南站、阳澄湖站、苏州园区站、苏州站、苏州新区站、无锡新区站、无锡站、惠山站、戚墅堰站、常州站、丹阳站、丹徒站、镇江站、仙林站、南京站全线所有车站全部启用“铁路e卡通”功能，实现该业务对沪宁城际高铁线路的全覆盖。同时铁路部门还推出了优惠活动，使用“铁路e卡通”乘车，首单满11元立减10元，每单随机立减优惠。
沪宁沿江城际铁路和沪宁城际铁路“铁路e卡通”采用席位“预留+预约”混合模式，本线始发终到（运行区间为上海-无锡）列车采用混合模式，为“铁路e卡通”用户预留了保障席位，刷码进站时闸机自动分配预留席位；跨线列车不预留席位，可预约乘车，也可在公网有剩余票额的情况下，直接扫码乘车。
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