合格性考试与选择性考试主要有以下五个方面的区别：
一、考试目的不同
合格性考试的目的是检查全体高中学生是否达到了普通高中课程方案和各学科课程标准规定的基本学业要求，可以称为“强化基础”；选择性考试的目的则是在“强化基础”的前提下，凸显不同高中生在学业修习上的学科特长，可以称为“突出个性”。
二、考试科目不同
合格性考试覆盖国家课程方案规定的所有学习科目。选择性考试是学生根据国家发展需要、自身兴趣、志向、优势和高等学校招生要求，首先在物理、历史2门科目中自主选择1门，再从思想政治、地理、化学、生物学4门科目中自主选择2门，共计3门科目。
三、考试范围不同
合格性考试科目内容为普通高中课程方案和各学科课程标准确定的必修课程内容；选择性考试科目内容为普通高中课程方案和各学科课程标准确定的必修和选择性必修课程内容。
四、成绩呈现不同
合格性考试成绩以“合格”和“不合格”呈现。合格性考试成绩长期有效。选择性考试中，首选科目成绩以原始分呈现；再选科目成绩以等级转换分呈现。选择性考试成绩当年有效。
五、考试时间不同
合格性考试时间安排在高中阶段相应课程教学任务结束时进行，首次考试安排在高一下学期末进行。成绩不合格的应（历）届生、社会人员可参加补考。选择性考试自2027年起实施，每年组织1次，与当年全国统一高考同期安排、统一进行。
